Optimizar un flujo de trabajo basado en proteómica cuantitativa para el estudio del proteoma de muestras de esputo para determinar si el análisis en cromatografía líquidaespectrometría de masas (LC-MS) con un fraccionamiento en fase gaseosa puede incrementar la cobertura proteica respecto al flujo de trabajo tradicional sin fraccionamiento.
Se sometió la muestra de esputo al siguiente flujo de trabajo: (i) recolección de esputo; (ii) purificación de componente proteica; (iii) digestión con tripsina del componente proteico; (iv) análisis por LC-MS de los péptidos resultantes, con dos variantes: (a) procedimiento proteómico habitual sin fraccionamiento, y (b)
fraccionamiento de los péptidos en el espectrómetro de masas (fraccionamiento en fase gaseosa). El análisis funcional de las proteínas identificadas se realizó mediante análisis de rutas (análisis pathway) y de Gene Ontology.
En la muestra de esputo de 2 mL, utilizando el procedimiento de fraccionamiento en fase gaseosa se identificaron 9.096 péptidos y 684 proteínas, incrementando en un 41 % y un 44 % el número de péptidos y proteínas identificadas, respectivamente, respecto a la metodología habitual sin fraccionamiento. La digestión proteica mostró una eficacia del 92 %, asegurando la reproducibilidad de la metodología y la adecuación de su uso para estudios de proteómica cuantitativa, así como los utilizados para el descubrimiento de biomarcadores.
La metodología optimizada identifica un número elevado de péptidos y proteínas, y permitirá su utilización para estudios proteómicos cuantitativos de abundancia o expresión diferencial en muestras de esputo para el descubrimiento de nuevos biomarcadores.
esputo, proteómica, espectrometría de masas, biomarcadores.
Acceso Área Privada
