Determinar si existen biomarcadores entre los transposones, tanto para diagnóstico como pronóstico de adenocarcinoma, carcinoma epidermoide y carcinoma microcítico de pulmón, así como valorar diferencias y similitudes entre estos tres tipos histológicos.
Se ha secuenciado el RNA total del tejido tumoral y sano adyacente de muestras de adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de dieciséis pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. En el caso del carcinoma microcítico, se han utilizado pacientes externos cuyos datos proceden de los repositorios genómicos disponibles para la comunidad científica. Esas secuencias se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva varios pasos: 1º) Preprocesar las lecturas, 2º) Mapearlas sobre el genoma humano de referencia, 3º) Determinar la expresión de los transposones en cada una de las muestras, y 4º) Calcular su expresión diferencial entre el tejido sano y el tumoral de cada paciente.
En un primer paso, hemos analizado los transposones con expresión diferencial en cada uno de los tipos histológicos estudiados por separado. El análisis del adenocarcinoma, carcinoma microcítico y carcinoma epidermoide de pulmón ha dado como resultado un total de 7, 72 y 12 transposones diferencialmente expresados (TDE), respectivamente. Hemos encontrado transposones comunes a los tres tipos histológicos y otros cuyo comportamiento es específico en cada uno de ellos.
Los transposones se reprograman específicamente cuando una célula normal del pulmón se vuelve cancerosa. Esta reprogramación es una fuente de biomarcadores que podría ayudar al diagnóstico precoz del cáncer.
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